最大規(guī)模高質(zhì)量人類基因組深度測序完成

　基因組先鋒CraigVenter領(lǐng)導(dǎo)的研究小組已經(jīng)對超過1萬人的基因組進(jìn)行了深度測序，這也許是迄今為止最大規(guī)模的高質(zhì)量測序研究。他們精細(xì)定位了個體基因組的差異，并展示了哪些突變特別容易引起疾病。
　　
　在這項研究中，研究小組對10,545個基因組進(jìn)行了測序，每個的測序深度在30-40倍。研究人員報告稱，84%的基因組被自信地測序，這個區(qū)域包含了92.5%的已知致病變異。每個新測序的基因組平均含有8,579個之前未知的變異，有些涉及到疾病，有些不涉及。此外，每個基因組大約含有70萬個標(biāo)準(zhǔn)參考基因組中沒有的DNA堿基。
　
　“我們的工作代表了目前深度測序人類基因組的最大努力，”研究稱。“這項研究鑒定出超過1.5億個變異，其中大多數(shù)是罕見且未知的。此外，這些數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)了基因組中高度不耐受變異的位點(diǎn)，這對健康而言可能是至關(guān)重要的。”
　　
　這項研究于7月1日發(fā)表在BioRxiv網(wǎng)站上，CraigVenter是資深作者。HumanLongevity公司和J.CraigVenter研究所的科學(xué)家參與了這項工作。BioRxiv是一個預(yù)印本服務(wù)器，讓人第一時間了解快速發(fā)展的生命科學(xué)領(lǐng)域的研究。
　　
　據(jù)《圣地亞哥聯(lián)合論壇報》報道，Venter拒絕接受采訪，因為同行評審和出版過程尚未完成。不過，其他科學(xué)家在讀過這項研究后表示，他們留下了深刻的印象。
　　
　加州大學(xué)舊金山分校的AtulButte博士認(rèn)為，這項研究的規(guī)模以及基因組的質(zhì)量，讓人印象深刻。他認(rèn)為，這種“深度測序”可獲得醫(yī)療級別的基因組，對臨床應(yīng)用而言足夠可靠。這些基因組提供了有用的參考數(shù)據(jù)集，可用于未來個體基因組的比較。
　　
　SanfordBurnhamPrebysMedicalDiscovery研究所的罕見病研究人員HudsonFreeze表示，這是他所知道的第一項高質(zhì)量的大規(guī)?；蚪M研究。“收集1萬多人的基因組并測序，這需要很大的勇氣，”Freeze說。“只有CraigVenter，擁有勇氣、財力和技術(shù)訣竅去完成這件事。”
　　
　Scripps轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究所的基因組信息學(xué)主任AliTorkamani認(rèn)為，這項研究將對基因組的了解延伸到外顯子組以外，“為臨床上所有重要的區(qū)域提供了一幅更完整圖像”。不過，它的最大限制是缺乏身體健康方面的數(shù)據(jù)。
　　
　對于后續(xù)研究，Torkamani建議研究人員關(guān)注其他變異，而不僅僅是這項研究關(guān)注的SNP（單核苷酸變異）。“盡管SNP是人類基因組中最豐富的變異類型，但還有許多臨床相關(guān)的變異，沒有在這項研究中討論，尤其是插入缺失、拷貝數(shù)變異及其他類型的結(jié)構(gòu)變異，”Torkamani說。